Nacido en 1485 en Medellín (Badajoz). A los 19 años, se embarcó con rumbo a Santo Domingo, en donde actuó como escribano en la villa de Azua. Acompañó a Diego Velázquez en 1511 en la conquista de Cuba. Fue alcalde de Santiago de Baracoa. Aunque al principio tuvo dificultades con Diego Velázquez, este conocia las capacidades de Cortés, y después de las dos expediciones a la tierra firme de lo que hoy es México, el gobernador Velázquez confiaria a Cortés la organización de una tercera expedición. El 18 de febrero de 1519 zarpa llevando 11 navíos, más de 500 soldados, cerca de 100 marineros, 16 caballos, 14 cañones, 32 ballestas y 13 escopetas. Pocos días después llegó a la isla de Cozumel, inquirió a los indígenas acerca de los náufragos españoles que sabía se hallaban cautivos en las tierras cercanas. Para sorpresa general, apareció entonces Jerónimo de Aguilar que habría de convertirse en inapreciable colaborador de Cortés, gracias a su conocimiento de la lengua maya. A través de él se supo que el otro náufrago sobreviviente, Gonzalo Guerrero, no había querido salir al encuentro de los españoles.
En el pueblo de Centla, en Tabasco, ocurrió el primer enfrentamiento bélico con los indios. Consumada la victoria de Cortés, los señores mayas agasajaron a los españoles haciéndoles entrega de veinte jóvenes mujeres entre las que estaba la célebre Malintzin o Malinche.
Cortés, decidido a romper toda relación de obediencia con Diego de Velázquez, fundo la Villa Rica de la Veracruz y creó el cabildo de esta, el cual a su vez lo nombró capitán general y justicia mayor. De este modo su única vinculación iba a ser ya con la Corona.
Recibió una primera embajada de Moctezuma con grandes presentes de joyas, oro, plumajes y varios atavíos. Según los testimonios indígenas que se conservan, Moctezuma pensó que los recién venidos eran Quetzalcóatl y otros dioses que lo acompañaban.
Dejando en la Villa Rica de la Veracruz al Ayuntamiento, se aproximó a la región tlaxcalteca. Los tlaxcaltecas pusieron a prueba la fuerza militar de los españoles valiéndose de un grupo otomí sometido a ellos, Al ver cómo los otomíes eran fácilmente vencidos, quedaron persuadidos de que esos blancos barbudos eran mucho más poderosos. Decidieron entonces aliarse con ellos con la esperanza de derrotar así a sus antiguos enemigos, los señores de México-Tenochtitlán.
Al pasar por la gran ciudad de Cholula, sometida por los mexicas, según las crónicas españolas se descubrió una traición de sus habitantes para martarlos. Según las crónicas indígenas, la traición fue perpetrada en realidad por los mismos españoles. El hecho es que allí tuvo lugar una matanza de indígenas por orden de Hernán Cortés.
El 8 de noviembre de 1519, Cortés hizo su entrada en México-Tenochtitlán, Moctezuma, que los recibió como huéspedes, pronto se convirtió en su prisionero. En mayo de 1520 llegó Pánfilo de Narváez a la región de Zempoala, enviado por el gobernador de Cuba para deponer y hacer preso a Cortés, quien salio de Tenochtitlán y lo derrotó en Zempoala, y muchos de los que venían con Narváez se pasaron a sus filas. En tanto que Cortés estado fuera, Pedro de Alvarado acometió súbitamente a los mexicas durante la gran fiesta en honor de su dios Huitzilopochtli. Los textos indígenas que hablan de ese episodio son en verdad dramáticos. Fue entonces cuando perdió la vida Moctezuma. Según unos, al tratar de apaciguar a los mexicas, le lanzaron éstos varias pedradas, una de las cuales lo hirió en la cabeza; según otros, a mano de los españoles que le dieron más de una cuchillada en el bajo vientre. La noche del 30 de junio de ese año Cortés y sus hombres con gran sigilo abandonaron la ciudad. Los mexicas, que dieron la voz de alarma, los acometieron con furia. Los españoles perdieron entonces más de la mitad de sus hombres así como todos los tesoros de que se habían apoderado. Esta derrota se conoce con el nombre de 'la noche triste'.
Los conquistadores marcharon en busca del auxilio de sus aliados tlaxcaltecas y el 30 de mayo de 1521 dieron principio al asedio de Tenochtitlán. Con más de 80.000 tlaxcaltecas y refuerzos de otras varias expediciones a Veracruz.
Las crónicas indígenas hablan de la elección del señor Cuitláhuac como sucesor de Moctezuma y de la epidemia de viruelas en la que murieron él y otros muchos. También describen con pormenor la nueva elección y actuaciones del joven príncipe Cuauhtémoc. El 13 de agosto de 1521 cayó Tenochtitlán y se aprisionó al joven Cuauhtémoc.
Entrado ya el año siguiente, y obedeciendo instrucciones de Carlos V, Cortés emprendió un viaje a España. se entrevistó con el emperador en Toledo. Aunque no recobró el gobierno de la Nueva España, obtuvo al menos el título de marqués del Valle de Oaxaca, así como 22 villas y 23.000 vasallos. Casado con doña Juana de Zúñiga, hija del conde de Aguilar, regresó a México hacia mediados de 1530.
Cortés emprende en 1532 una serie de expediciones en el mar del Sur (océano Pacífico). El propio Cortés dirige personalmente en Tehuantepec la construcción de otras naves en el astillero que allí tiene establecido. El año siguiente zarpan otras dos embarcaciones desde el puerto de Santiago en Colima. Una de ellas descubre las islas Revillagigedo. La otra, tras un motín a bordo, alcanzó a llegar al extremo sur de la Baja California. Allí la mayor parte de los que iban a bordo perdieron la vida en un enfrentamiento con los indios.
Para hacer defensa de sus derechos, Cortés emprendió nuevo viaje a España. Entre otras cosas dirigió allí un memorial a Carlos V quejándose de los agravios que, en su opinión, había recibido del primer virrey de la Nueva España, Antonio de Mendoza. Los restantes años de su vida que transcurrieron todos en España fueron para Cortés tiempo difícil en que se vio envuelto en una serie de litigios y agobiado por el nunca terminado juicio de residencia.
Con intención de regresar a México, llegó a Castilleja de la Cuesta, cerca de Sevilla. Allí poco antes había dictado su testamento. El 2 de diciembre de 1547 murió a la edad de 62 años.